คำสั่ง FDISK จะสามารถหาได้จากแผ่น Windows 98 Start Up Disk ถ้าหากยังไม่มี ต้องทำการสร้างแผ่น Windows 98 Startup Disk ขึ้นมาก่อน หลังจากนั้น จึงทำการบูทเครื่องคอมพิวเตอร์ โดยการบูทเครื่องจากแผ่น Windows 98 Startup Disk จากนั้น พิมพ์คำสั่ง fdisk แล้วกด Enter
หลังจากที่ทำการสร้างและจัดแบ่งพาร์ติชันต่าง ๆ เรียบร้อยแล้ว เมื่อกลับมาที่เมนูหลัก จะมีคำเตือนว่าไม่มีการกำหนดพาร์ติชันไหน active อยู่เลย ต้องทำการกำหนดพาร์ติชันที่สร้างขึ้นมาให้เป็น active partition ด้วยเพื่อให้สามารถใช้บูทเครื่องได้ การกำหนดทำโดยการเลือกที่เมนู 2. Set active partition
ใส่หมายเลขของ Partition ที่ต้องการให้เป็น active partition และกด Enter
เมื่อเลือกที่เมนู 4. เพื่อดูรายละเอียดต่าง ๆ ก็จะเห็นลักษณะการจัดและแบ่งพาร์ติชันในฮาร์ดดิสก์ รวมถึงพาร์ติชันที่ตั้งให้เป็น active partition ด้วย